Фамилия Водинихина хранит память о происхождении человека. Её основа — женское прозвище Водиниха, которое образовали от имени или прозвища мужа. По этой модели на Руси женщину часто называли по мужу: Водиниха — жена или вдова Водини (Водиника). Сама фамилия закрепилась с суффиксом -ин, типичным для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?»: Водинихина — «дочь или жена Водинихи». В мужском варианте фамилия звучит как Водинихин.

Именование Водинь (Водиник) прослеживается в словаре Владимира Даля. Даль приводит три значения слова «водиник»: водяной дух, живущий в омутах; водянички — мелкая мокрая сыпь на теле; огород заречный, бережной или поемный. Отсюда возможны разные версии прозвища. Первая: Водиником прозвали человека, живущего у воды — на реке, озере или поёмном лугу. Вторая: прозвище могло указывать на внешность — например, на сыпь на коже. Третья версия связана с народными поверьями: имя «Водиник» давали как мирское, чтобы охранять носителя от водяного или болезней. Считалось, что нечистая сила не трогает тех, кто носит её имя.

Есть и ещё одна гипотеза — профессиональная. В словаре Даля есть нарицательное «вод», которое могло лечь в основу именования. В таком случае Водинь (Водиник) — прозвище человека по роду занятий, возможно связанного с водой: рыбак, лодочник, мельник или тот, кто работал на поемных огородах.

Прозвище Водиниха со временем стало основой фамилии Водинихин. Фамилия редкая, с характерным северным или северо-восточным оттенком: суффикс -ихин типичен для фамилий, возникших в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях. Встречается и вариант написания Воденихин — с буквой «е» в корне. Это не ошибка, а диалектное колебание: в говорах «Воденик» и «Водиник» могли произносить по-разному.