Фамилия Водынина на первый взгляд кажется прозрачной, но к слову «вода» она отношения не имеет. Её основа — старинное прозвище Водырь. В русских говорах так называли человека, который водит: проводника слепого, военачальника, коновода или погонщика лошадей. Слово образовано от глагола «водить» с помощью суффикса -ырь, который в древнерусском языке часто указывал на деятеля (сравните: глухарь, писарь, пекарь). Модель типичная для прозвищ по занятию.

В истории фамилии есть и другая версия, менее вероятная, но допустимая: Водырь могло быть не прозвищем, а мирским именем-оберегом. В языческой традиции иногда давали «отрицательные» имена, чтобы уберечь ребёнка от злых сил. Однако для фамилии Водынина основным остаётся профессиональный смысл — предок был человеком, который водил других или управлял движением.

Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Водынин, то есть сын или потомок Водыря. Со временем форма закрепилась, и окончание -а стала обозначать женскую линию. Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где сохранились архаичные говоры. В отличие от более частых Водяных или Водопьяновых, Водынина напрямую связана не с водной стихией, а с действием — водить.