Фамилия Водынская — это пример, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию. Она образована по типичной для польской, украинской и западнорусской шляхты модели: основа плюс суффикс -ск- и окончание -ая. Такую фамилию чаще всего получал человек, владевший поместьем Водынь или живший в селении с похожим названием. В ономастике это называется «топонимическая фамилия» — она не описывает человека, а указывает на его место, род земель или вотчину.

Искать исходный топоним стоит в западных регионах бывшей Речи Посполитой. На картах Украины встречается село Водин (Водын) на Харьковщине, а в Польше — несколько мелких населённых пунктов с корнем Wodyn. В любом случае, название села или усадьбы восходит к слову «вода»: либо к реке, озеру, болотистой местности, либо к прозвищу первого поселенца — Водыня (человек, живший у воды, или водяной мельник). Суффикс -ын- в основе (Водын-) характерен для притяжательных прилагательных: «Водынь» — буквально «место, принадлежащее Воде» или «Водыневу».

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая — прозвищное происхождение. Если фамилия возникла не от названия села, а напрямую от прозвища Водын (человек, связанный с водой, например, перевозчик, рыбак, лодочник), то суффикс -ск- мог быть добавлен уже позже, в канцелярской среде, чтобы придать фамилии «благородное» звучание. Однако для крестьянских фамилий такая модель редка: обычно прозвища давали окончания -ов/-ев или -ин.

По сословной принадлежности Водынские — почти наверняка потомки мелкой шляхты или однодворцев, живших на территории современных Беларуси, Украины или западных областей России. В дворянских родословных книгах эта фамилия не числится среди громких, что говорит о её «местном», усадебном характере: владели одним хутором, одной деревней — и получили фамилию по этому хутору.

Что касается ударения, в русском языке оно устоялось на втором слоге: Воды́нская. Вариант с ударением на «а» (Водынска́я) встречается реже и, скорее всего, является украинизированной формой.