Фамилия Водинова — женская форма фамилии Водинов, и её разбор лучше всего начать с суффикса. В русской антропонимии суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «чей сын?» → «Водинов». Это типичная модель для фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или названий профессий. В данном случае основа — Водин, а та, в свою очередь, восходит к имени или прозвищу Водя (или Вода).

Самая прямая версия — прозвище Вода давали человеку, который постоянно имел дело с водой: рыбак, лодочник, паромщик, водовоз или даже мельник, работавший на воде. В северных и приречных регионах России такие прозвища были особенно распространены. Менее очевидный, но возможный вариант — Водин как краткая форма от канонического имени Водим (редкое, от греческого «водить»), но эта гипотеза слабая, так как имя почти не встречается в святцах.

Интересная деталь: в некоторых говорах «водиной» называли влажную, сырую погоду или туман. Если прозвище дали не по занятию, а по характеру, то «Водой» могли окрестить плаксивого, «мокрого» человека или того, кто жил в болотистой местности. В любом случае, основа фамилии — бытовая, крестьянская, без аристократического налёта, что указывает на происхождение из среды простых людей, чьи занятия или приметы были понятны окружающим.

С точки зрения географии, фамилия Водинов (и Водинова) встречается в основном в центральных и северо-западных областях России, где водный промысел был частью повседневной жизни. Встречается она нечасто, что говорит о локальном характере прозвища: оно не стало массовым, как, скажем, Кузнецов или Попов, а осталось в пределах одной местности или рода.