Фамилия Водинов образована от нецерковного имени Вода. В древнерусской традиции такие имена были распространены: называя ребёнка Водой, родители могли следовать «охранительной» логике — дать имя, отводящее от мальчика злые силы. В фольклоре хозяином земных вод считался змей, дракон или другое чудище, поэтому имя Вода могло символизировать силу и здоровье, которые желали сыну.

Разберём словообразовательную модель. Фамилия Водинов строится по схеме: основа «Водин» (от имени Вода через притяжательное прилагательное «Водин» — сын Воды) плюс суффикс -ов. Суффикс -ов в русских фамилиях типичен для образования от основ на твёрдый согласный, но здесь он присоединён к основе «Водин», что встречается реже, чем прямое «Водов». Именно этот нюанс — появление суффикса -ов после -ин — отличает фамилию и указывает на её происхождение от личного имени, а не от прозвища.

Существует и другая гипотеза: связь с прозвищем Вод, которое «Толковый словарь живого великорусского языка» В. И. Даля фиксирует как устаревшее слово, обозначающее, вероятно, проводника или вожака. Однако такая этимология маловероятна. Если бы фамилия произошла от прозвища Вод, она должна была бы выглядеть как Водов (по модели «Петров» от Пётр, «Козлов» от Козёл). Форма Водинов же прямо указывает на промежуточную ступень — имя Вода → притяжательное «Водин» (чей?) → фамилия Водинов.

Таким образом, потомок человека с мирским именем Вода со временем получил фамилию Водинов. Географически она встречается в разных регионах, но не относится к числу массовых или сословно закреплённых — её могли носить крестьяне, посадские люди и служилые, если в их роду было принято нецерковное имя.