Фамилия Водукова — женская форма, а её мужской вариант — Водуков. Сразу бросается в глаза, что основа здесь не «вода», хотя на слух это кажется очевидным. На самом деле корень «вод-» в этой фамилии, скорее всего, восходит не к стихии, а к действию: «водить» или «вожак». В старину «водоком» или «водырем» называли того, кто ведёт — проводника, предводителя, старшего в каком-либо деле. Например, в северных говорах «водуком» могли назвать лоцмана, который проводит суда по сложному фарватеру, или просто вожака в пути.

Суффикс «-ов-/-ев-» в данном случае типичен для русских фамилий, образованных от прозвища или мирского имени. То есть Водуков — это буквально «сын Водука». Прозвище Воду́к (с ударением на второй слог) могло закрепиться за человеком, который брал на себя роль ведущего: за старшего в артели, за проводника в лесу или за того, кто «водил» хороводы на праздниках. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «водковать» — в некоторых диалектах это означало «бродить без дела», но такое значение дало бы прозвище с иной окраской.

Интересная деталь: фамилия Водуков и Водукова — не самая частая, и её география бытования довольно локальна. Встречается она преимущественно в южнорусских и поволжских регионах, а также у казачества. Это наводит на мысль, что прозвище могло иметь и профессиональный оттенок: в казачьей среде «водуком» называли человека, отвечающего за переправу или за проводку обозов. Таким образом, предки современных Водуковых могли быть не просто «водителями» в переносном смысле, а людьми с конкретным ремеслом — проводить людей и грузы по воде или по суше.