Фамилия Воденко относится к числу «водных» фамилий. Возможно, она образована от топонима. Очевидно, предок обладателя этой фамилии жил неподалеку от водоема, за что и получил прозвище Воденко. Согласно другой версии, фамилия образована от нецерковного имени Водяной (Воденя), которое считалось «охранным». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители могли назвать его Водяным (Воденей).