Фамилия Воденко — одна из тех, где основа прозрачна, а вот мотивировка может быть разной. Слово «вода» лежит на поверхности, но вопрос в том, что именно оно означало для первого носителя: место жительства, внешность, род занятий или охранительное имя.

Начнём с самого прямого пути. Прозвище Воденко могли дать человеку, жившему у реки, озера или болота. В говорах «воденко» иногда называли водянистое место, сырой луг или даже самого водяного — духа водоёмов. Такая топонимическая привязка — частый случай в русских фамилиях: человек получал прозвище по характерной черте ландшафта, где стояла его изба. Позже это прозвище закрепилось за его потомками.

Вторая версия — охранительная, или апофеозная. В дохристианской и раннехристианской традиции родители могли нарочно дать ребёнку имя с «некрасивым» или пугающим значением, чтобы обмануть злых духов. Считалось, что дитя с именем Водяной (или уменьшительным Воденко) будет казаться нечистой силе «своим», и она не станет ему вредить. Парадоксально, но желая мальчику здоровья, его называли в честь водяного — хозяина омутов. В этом случае фамилия восходит к нецерковному личному имени Водяной, Воденя.

Словообразовательная модель проста: суффикс -енк(о) — характерный украинский и южнорусский патронимический суффикс, указывающий на происхождение («чей-то сын» или «чей-то потомок»). Воденко буквально значит «маленький Водяной» или «сын Водяного/Водени». В украинской ономастике суффикс -енко — один из самых распространённых, он вытеснил великорусские -ов/-ев в большинстве областей. Поэтому географически фамилия Воденко тяготеет к Украине, югу России и Беларуси, хотя отдельные носители встречаются и в других регионах.

Менее вероятно, но возможно образование от гидронима — названия речки Водена или Водянка. Такие названия встречаются в бассейне Днепра и Дона. Тогда фамилия указывала бы не на прозвище, а на конкретное место, откуда человек пришёл: «Воденский» со временем превратилось в Воденко под влиянием местного говора.

В итоге ясна основа — вода, — а точное значение зависит от того, какой смысл вкладывали в прозвище предки. В любом случае фамилия Воденко не редкая: по данным открытых телефонных справочников, она встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в центральных областях Украины.