Фамилия Волдыкова образована от прозвища или нецерковного имени Волдык. Основа здесь — слово «волдырь», то есть пузырь на коже, водянистая опухоль. В старину такие прозвища давали не обязательно из-за внешности. Волдырём могли назвать обидчивого, вспыльчивого человека, который «надувается» от злости, или же, наоборот, насмешливо — здоровяка с крепким телом. В русских говорах слово «волдырь» имело и переносное значение: так говорили о капризном, своенравном ребёнке.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Волдыков — сын Волдыка. Женская форма Волдыкова, соответственно, обозначает жену или дочь Волдыкова. Фамилия эта относительно редкая, и её география связана преимущественно с северными и центральными областями России, особенно с Архангельской, Вологодской и Кировской губерниями, где прозвища от названий болезней и телесных особенностей встречались чаще, чем в южных регионах.

В ономастике фамилию Волдыков относят к группе «медицинских» прозвищ, куда входят, например, Желваков, Болячкин, Чиряков. Важно не путать её с фамилией Волдырев, где суффикс -ев указывает на иную основу (Волдырь), а не на уменьшительную форму Волдык. Поскольку в основе лежит прозвище, а не крестильное имя, фамилия не связана с сословной принадлежностью: её могли получить и крестьяне, и посадские люди. В писцовых книгах XVII века встречаются отдельные упоминания крестьян Волдыковых в Заонежье, но массового распространения фамилия не получила.