Фамилия Ворнонин — редкий случай, когда написание расходится с ожиданием. Большинство сразу подумает о птице, но в русских фамилиях корень «ворон» обычно даёт Воронин (с ударением на первый слог) или Воронов. Ворнонин — иная модель, и искать её происхождение стоит не в орнитологии, а в географии и местных говорах.

Словообразовательный разбор указывает на суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще всего присоединялся к основе на -а или -я: от прозвища, имени или названия профессии. Основа здесь — «Ворнон». Это могло быть прозвище, образованное от диалектного слова. В северных и сибирских говорах «ворнон» — не птица, а вариант слова «вороной» (чёрный, о масти лошади). Соответственно, Ворнониным могли прозвать человека с тёмными волосами или того, кто держал вороных коней. Есть и другая версия: в некоторых регионах «ворнон» — искажённое «воронок» (вид сокола) или даже «ворон» в простонародном произношении, но это менее вероятно, так как тогда фамилия сохранила бы форму Воронин.

Примечательно, что фамилия Ворнонин почти не встречается в центральных областях России. Основные очаги — Архангельская, Вологодская области и север Удмуртии. Это говорит о том, что фамилия сложилась в зоне севернорусского наречия, где «оканье» и особые фонетические переходы давали такие формы. Возможно, предки носителя фамилии были крестьянами или коневодами на Севере.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Ворнонин стоит в одном ряду с Воронковым, Воронецким и Вороновым, но отличается от них именно суффиксальной моделью. Если Воронин — «сын Вороны» (прозвище), то Ворнонин — «сын Ворнона», где прозвище уже само по себе указывало на цвет или масть. Фамилия редкая, но не единичная: в переписях XIX века она фиксируется у нескольких семей в Олонецкой губернии.

Итог прост: Ворнонин — не ошибка в написании, а самостоятельная фамилия, возникшая на севере России из прозвища по внешнему признаку или роду занятий. Носителю такой фамилии стоит искать корни в архангельских или вологодских землях, а не в московских архивах.