Фамилия Ворнонов — редкий случай, когда написание расходится с произношением настолько, что способно запутать даже носителя языка. На слух она неотличима от гораздо более распространённой фамилии Воронов, и это ключ к её происхождению. Скорее всего, перед нами не самостоятельная основа, а фонетический вариант: в русских говорах, особенно в северных и сибирских, «аканье» закрепилось и на письме, поэтому «Ворнонов» — это запись того, как звучало «Воронов» в устной речи. Человек, записывавший фамилию в документ, просто передал звук, а не этимологию.

Если же отбросить версию с «аканьем», то морфология фамилии стандартна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Ворнонов, то есть сын Ворнона). А вот основа «Ворнон» — тёмная. В русском языке нет слова «ворнон» или «ворнона». Это может быть искажённое имя Варнава (в народной форме Ворнава, Ворнон), но связь слабая. Более вероятно, что «Ворнон» — это прозвище, образованное от глагола «ворновать» (беспокоиться, суетиться, ворчать). В некоторых диалектах «ворнон» могли называть ворчливого или беспокойного человека. Однако эта версия упирается в то, что глагол редкий, а прозвище от него почти не фиксируется.

Таким образом, у фамилии Ворнонов два равноправных объяснения, и первое — как вариант написания фамилии Воронов — гораздо проще и надёжнее. Второе, с прозвищем от «ворновать», хоть и красиво, но остаётся гипотезой без твёрдой опоры в источниках. Носителям фамилии стоит учитывать, что их предки почти наверняка были выходцами из регионов с сильным «аканьем» — например, из-под Москвы, Калуги или Рязани, где буква «о» в безударной позиции звучала как «а» и так же записывалась.