Фамилия Вороняев — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. На первый взгляд кажется, что корень «ворон» отсылает к птице. Но если присмотреться к суффиксу, картина меняется. Модель «Вороняев» образована не напрямую от «ворон», а от имени или прозвища Вороняй. Суффикс -яй в русских фамилиях встречается нечасто, он характерен для прозвищ, образованных от глаголов: например, Лентяй (от «лениться»), Гуляй (от «гулять»). Вороняй, скорее всего, означало человека, который «воронит» — то есть делает что-то небрежно, портит, или, в другом значении, зря тратит время, глазeет по сторонам (сравните: «ворон считать»). Такое прозвище могли дать рассеянному, нерадивому или медлительному человеку.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «воронить» в значении «чернить, делать чёрным» (например, воронить металл). Тогда Вороняй — мастер по чернению, кузнец или ремесленник. Но эта гипотеза слабее: прозвища от глаголов действия обычно звучат иначе (Коваль, Красильщик), а суффикс -яй чаще маркирует личностную характеристику.

По географии фамилия Вороняев редкая. В дореволюционных источниках она встречается в центральных губерниях России, особенно в Тверской и Ярославской, где был распространён диалектный глагол «воронить» в значении «зевать, глазеть». Это косвенно подтверждает первую версию: прозвище Вороняй могло закрепиться за человеком, который постоянно отвлекался и «считал ворон».

В написании фамилии нет вариантов: ударение падает на второй слог — Вороня́ев. Сравните с однокоренными Воронов, Воронцов — они построены по другой модели, от прямого названия птицы, и встречаются гораздо чаще. Вороняев же — пример того, как за привычным корнем может скрываться неожиданный смысл, связанный не с природой, а с человеческой натурой.