Фамилия Воскобойникова ведет происхождение от прозвища Воскобойник. В старину воскобойником называли ремесленника, который сбивал воск, делал из него свечи и другие изделия. Прозвище было профессиональным: оно точно указывало на занятие человека.

Слово «воскобойник» в русском языке образовалось сложением двух корней: «воск» и «бой» (бить, сбивать). Модель типична для названий ремесел: бондарь, стеклодув, гончар. Но если многие ремесленные фамилии встречаются повсеместно (Кузнецов, Плотников), то Воскобойниковы географически привязаны к северным и центральным регионам России, где было развито пчеловодство и бортничество.

Фамилия фиксируется в исторических документах с XVII века. В 1662 году упоминается Максим Воскобойников, новгородский торговый человек. Это одна из ранних документальных записей, которая показывает, что фамилия уже тогда бытовала в торгово-ремесленной среде.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Воскобойников — сын или потомок Воскобойника. Форма Воскобойникова — женский вариант, который закрепился за женщинами по той же модели, что и все русские фамилии на -ов/-ев.

Стоит обратить внимание на ударение: в фамилии оно падает на третий слог — Воскобо́йникова. В исходном прозвище ударение тоже стояло на «ой», что отличает его от слова «воскобойник» с ударением на последний слог (такое произношение встречается в диалектах). Эта разница — след живой устной традиции, где фамилия обособилась от нарицательного слова.

Сравните с однокоренными фамилиями: Воскобойников (мужская форма), Воскобоев, Восканян (от другого корня). Воскобойников — самая распространенная из них, а Воскобойникова — её женский вариант, который сейчас носят тысячи женщин в России.