Фамилия Воскобойнков — один из тех редких случаев, когда профессиональное прозвище предка сохранилось в почти неизменном виде, но с неожиданным суффиксом. Основа здесь очевидна: воскобойня — место, где из воска делали свечи, либо, по другой версии, мастерская, где воск отжимали и очищали. Соответственно, «воскобойник» — это работник воскобойни, мастер по выделке воска. Такое ремесло было востребовано в церковном хозяйстве и в купеческом быту: воск шёл на свечи, на пропитку тканей и на медицинские мази.

Интересна не столько основа, сколько суффиксальная модель. Подавляющее большинство русских фамилий от профессий образуется с суффиксом -ов/-ев: Кузнецов, Плотников, Мельников. Воскобойников — закономерная и ожидаемая форма. Но Воскобойнков — это сокращение, усечение. Вместо полного «Воскобойников» мы видим вариант, где выпал слог «-ик-». Такое явление в русской ономастике называют гаплологией — упрощением произношения за счёт пропуска повторяющихся или похожих слогов. «Воскобойников» звучало тяжеловато, и в бытовой речи его могли стянуть до «Воскобойнков». Фамилия закрепилась именно в этой, более лёгкой форме.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и отчасти украинским землям, где воскобойное дело было особенно развито из-за обилия пасек. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания «воскобойников» как отдельной категории ремесленников, но фамилия Воскобойнков, скорее всего, оформилась уже после отмены местничества, когда прозвища начали переходить в наследственные именования.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Воскобойников — стандартная форма, а Воскобойнков — её диалектный, сокращённый вариант. Встречается также фамилия Воскобойниченко (с украинским патронимическим суффиксом), что указывает на ту же профессиональную основу, но в иной среде. Таким образом, предок носителя фамилии Воскобойнков был не просто ремесленником, а человеком, чьё прозвище в речи односельчан успело «обкататься» до более краткого звучания.