Фамилия Воскобойников происходит от названия старинного ремесла. Её основа — прозвище Воскобойник, которое в русских говорах давали специалисту по переработке воска. Воскобойник не просто продавал воск, а сбивал его вручную, очищая от примесей, и делал из него свечи, церковные и бытовые. Прозвище было понятным и точным: оно называло человека по делу, которым он кормил семью.

Фамилия образовалась по простой и распространённой модели: к основе Воскобойник добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем окончание, указывающее на род. Получилось «сын Воскобойника» — Воскобойников. В документах XVII века, в частности в новгородских записях 1662 года, упоминается Максим Воскобойников, названный торговым человеком. Скорее всего, он не только сам сбивал воск, но и вёл торговлю готовыми изделиями — свечами и вощиной.

Обратим внимание на суффикс -ник в исходном прозвище. В русском языке он обозначал деятеля, человека, занятого определённым промыслом: бортник, охотник, плотник. Воскобойник стоит в одном ряду с другими «ремесленными» прозвищами, которые позже дали фамилии Свечников, Дегтярёв, Скорняков. В отличие от фамилий на -ин (типа Воскобоев), форма на -ов указывает на то, что прозвище Воскобойник оканчивалось на согласный, и это самый частый способ образования русских фамилий.

Сословно Воскобойниковы не были, как правило, дворянами. В основном это посадские люди и крестьяне, у которых ремесло передавалось от отца к сыну. В некоторых регионах, особенно на севере и в центральной России, воскобойный промысел был важным подспорьем в хозяйстве, поэтому фамилия встречается у выходцев из Новгородской, Вологодской, Костромской губерний. Позже, с развитием заводского производства свечей, ремесло угасло, но фамилия осталась как память о предке, который умел обращаться с воском.