Фамилия Вотчеников образована по модели «основа + -ов», что характерно для русских фамилий, возникших из отчеств или прозвищ. В её основе лежит слово «вотчина» — наследственное земельное владение в Древней Руси. Однако прямой связи с владельцем вотчины здесь нет: скорее всего, прозвище Вотченик получил человек, имевший отношение к вотчинному хозяйству или живший на вотчинной земле. В XVI–XVII веках так могли назвать крестьянина, приписанного к вотчине, или управляющего вотчинным имением. Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от диалектного «вотчина» в значении «отчизна, родной дом», и тогда прозвище Вотченик давали человеку, который не покидал родных мест.

Суффикс -ик в основе указывает на лицо по признаку: Вотченик — тот, кто связан с вотчиной. Фамилии на -ов (-ев) в этой модели типичны для центральных и северных регионов России, где вотчинное землевладение было распространено особенно широко. Встречаются однокоренные фамилии: Вотчин, Вотчинин, Вотчинников — все они восходят к тому же корню, но Вотчеников выделяется суффиксом -ик, что делает её менее частотной.

Сословно фамилия не маркирована: её могли носить как крестьяне, так и служилые люди, работавшие на вотчину. В документах XVIII–XIX веков Вотчениковы встречаются в основном в записях по Владимирской, Костромской и Ярославской губерниям — регионах с развитым вотчинным землевладением. Известных носителей фамилии, оставивших заметный след в истории, не зафиксировано, что подтверждает её преимущественно крестьянское происхождение.

Таким образом, Вотчеников — фамилия, прямо отсылающая к социально-экономическому укладу допетровской Руси. Она не говорит о знатности предка, но указывает на его привязанность к определённой земле и хозяйственному укладу, где слово «вотчина» было не просто термином, а обозначением жизненного уклада.