Фамилия Вотчиникова — женская форма фамилии Вотчиников, и её разговорная или документальная основа — слово «вотчина». На первый взгляд кажется, что перед нами потомок владельца вотчины, помещика. Но в русской ономастике прямое указание на социальный статус в фамилиях встречается редко: крестьянам не давали фамилий «Помещиков» или «Бояринов» в прямом смысле, а вот прозвища с иронией или бытовым контекстом — запросто.

Куда вероятнее, что Вотчиников — это не «сын вотчинника», а «сын Вотчинника», где Вотчинник — прозвище. В старину так могли назвать человека, который постоянно твердил о своём наследном праве, кичился родовым участком или, наоборот, того, кто вёл тяжбу за вотчину. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Вотчина — от него и пошла фамилия. Суффикс -ик- в основе (Вотчин-ик-ов) указывает на лицо по характерному признаку: «тот, кто связан с вотчиной». Это типичная модель для прозвищ, перешедших в фамилии: например, Дворников, Заимщиков.

Есть и вторая версия, более прозаичная. В некоторых говорах «вотчинником» называли не владельца, а управляющего или приказчика, который сидел в вотчине от имени хозяина. Такой человек был на виду, его часто поминали в документах — и прозвище закреплялось за детьми. Фамилия фиксируется в основном в центральных и северных губерниях России, где вотчинное землевладение было особенно развито: в Ярославской, Костромской, Вологодской. Встречается и на Урале — туда переселенцы принесли её с собой в XVIII–XIX веках.

С точки зрения словообразования фамилия редкая: суффикс -ик- в основе встречается реже, чем -ов- или -ин. Вотчиников и Вотчиникова стоят в одном ряду с фамилиями вроде Гостиников, Подьячиков, Стольников — все они образованы от названий должностей или статусов, но не напрямую от титулов, а через бытовое прозвище. Если ваши предки носили эту фамилию, они скорее всего были не помещиками, а людьми, так или иначе связанными с вотчинным хозяйством: крестьянами, дворовыми или мелкими служащими. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Гербовнике» нет — это чисто народная, прозвищная фамилия.