Фамилия Войковская — редкий пример того, как географическое название, полученное через дворянский суффикс, может ввести в заблуждение. На слух она кажется типичной семинарской фамилией вроде Троицкой или Покровской, но корень у неё совсем не церковный, а вполне светский и военный.

Основа фамилии — слово «вой» или «вояка». В славянских говорах «вой» означало не только военный крик, но и самого воина, бойца. Однако в фамилиях на -ский редко напрямую используют прозвище: чаще берут название населённого пункта. Войковская — это, скорее всего, фамилия, образованная от топонима Войково, Войков или Войковка. Таких деревень и хуторов в России, Украине и Беларуси было немало, особенно в бывших казачьих областях. Названия они получали от фамилии или прозвища первопоселенца — например, некоего Войка (человека с воинственным нравом) или Войкова.

Суффикс -ск- в этой фамилии указывает на дворянское или шляхетское происхождение: в XVII–XIX веках фамилии на -ский носили в основном помещики (по названию имения) и духовенство (по названию храма). Но Войковская явно не из семинарской среды: церкви в честь «Воя» не бывает. Значит, перед нами типичная «дворянская» модель, где человек получал фамилию по своему поместью. Если предки были мелкими землевладельцами или однодворцами, они могли взять фамилию по названию хутора, где жили.

Встречается и более прозаичная версия: в некоторых регионах «войковскими» называли солдатских вдов или семьи, где мужчины постоянно были на службе — от слова «войско». Но как фамилия эта версия менее вероятна: суффикс -ск- плохо сочетается с бытовым прозвищем.

Сейчас фамилия Войковская редкая, встречается в основном на юге России и в восточной Украине. Её носители, скорее всего, потомки мелкопоместных дворян или казачьих старшин, чьи хутора со временем исчезли с карты, оставив лишь память в фамилии.