Фамилия Войкова — женская форма фамилии Войков, и её значение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Войков — относительно редкая и прозрачная по происхождению, если знать старые диалектные слова.

В основе фамилии лежит слово «войко» или «войка». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли воина, бойца, забияку или просто крикливого, драчливого человека. В некоторых диалектах «войкой» могли назвать волка (от его воя) или даже плаксу. Таким образом, прозвище Войко давали либо человеку с воинственным, неуживчивым характером, либо тому, кто часто «воевал» — ссорился и спорил. Менее вероятная, но возможная версия: прозвище от глагола «выть» — того, кто громко плакал или пел заунывные песни.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Войк- добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Войка». Для замужней женщины или дочери использовали форму Войкова. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в центральных или северных регионах России, где эта модель была преобладающей, в отличие от украинских или белорусских земель, где чаще использовали суффикс -енко или -ук.

Интересно, что фамилия Войков не имеет отношения к слову «война» в его современном литературном значении. Это именно диалектное прозвище. Встречаются однокоренные фамилии: Войкин (от имени Войка), Войко (без суффикса, как прозвище в чистом виде) и Войковский (с польским или украинским оттенком). Поскольку фамилия редкая, её носители исторически могли быть крестьянами или посадскими людьми из северных губерний — Архангельской, Вологодской, Вятской, где подобные прозвища были в ходу. Сословная принадлежность предков не прослеживается по одной этимологии: Войковым мог быть и бобыль, и стрелец, и купец — прозвище давали по характеру, а не по роду занятий.