Фамилия Войковы — один из тех случаев, когда за привычным окончанием скрывается неочевидная и довольно редкая история. Вопреки интуитивному ожиданию, её основа не связана напрямую со словом «воин» в значении «солдат» или «боец». Прямая связь с военной профессией хоть и возможна, но считается менее вероятной версией.

Куда убедительнее выглядит объяснение через личное имя. На Руси было распространено имя Воин, которое давали не в честь рода занятий, а по святцам — как прозвание конкретного святого. Дело в том, что некоторые святые, помимо основного имени, носили уточняющие прозвища по своим особенностям: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин. В церковной практике случалось, что малограмотные священники ошибочно нарекали младенца не каноническим именем, а именно этим прозвищем. Так имя Воин стало официальным, хоть и редким. От него образовалась уменьшительная форма Войко, которая и легла в основу фамилии.

Модель образования здесь классическая: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Войков — буквально «сын Войка» или «потомок Войка». Эта же основа прослеживается в родственных фамилиях: Воейков, Воинов, Войнов, Войнович, Войнаровский. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами и региональными вариантами произношения.

Существует и альтернативная гипотеза, связывающая фамилию с румынским именем Войку — местным аналогом имени Иван. В этом случае значение уходит к древнееврейскому корню со смыслом «милость божья». Версия не лишена оснований, но для русской ономастики менее типична: фамилии на -ов с румынской основой встречаются реже, чем образованные от славянских имён.

Фамилия Войковы — древняя, но точное место и время её возникновения установить сложно: процесс формирования фамилий на Руси был долгим и шёл неравномерно в разных землях. Можно лишь уверенно сказать, что перед нами памятник не столько военной, сколько церковно-бытовой традиции имянаречения, где случайность или ошибка священника закрепилась в родовом имени на века.