Основой фамилии Войков послужило имя Воин. Вероятно, она происходит от очень распространенного на Руси имени Воин. Некоторые святые наряду с именем носили прозвание по своим особенностямили роду деятельности: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин и т. Некоторые малограмотные священники по ошибке нарекали младенца не именем святого, а его прозванием. Так и появились люди с официальным именем Воин. В основу же данной фамилии легла его уменьшительная форма - Войко. Родственными являются фамилии Воейков, Воецкий, Воинов, Войнаровский, Войников, Войнов, Войнович. Менее вероятно, что основатель рода Войковых был воином, то есть солдатом, бойцом. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Войков ведет свое начало от имени Войку, румынского аналога русского имени Иван, которое имеет древнееврейское происхождение и переводится как «милость божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Войко, со временем получил фамилию Войков.