Фамилия Войконов — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, ясна, но происхождение упирается в спор о том, что именно называло прозвище. В ней отчетливо слышен корень «войк-», который в русских говорах имеет два расходящихся значения.

Самый прямой путь — от слова «войка» или «войко». В диалектах русского севера и Сибири «войкой» называли плаксу, нытика, человека, который постоянно скулит или жалуется. Прозвище Войко давали либо капризному ребенку, либо взрослому с тяжелым, ноющим характером. Тогда Войконов — буквально «сын Войка», то есть потомок человека с такой характеристикой. Суффикс -ов самый распространенный в русской модели образования фамилий, он просто указывает на принадлежность.

Однако есть и вторая, более глубокая версия, которую поддерживают некоторые исследователи по аналогии с фамилией Войков. В древнерусском языке слово «вой» означало «воин» (от «вои» — войско). «Войко» могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Воислав или просто прозвищем «маленький воин», «боец». В этом случае фамилия Войконов теряет бытовой оттенок плаксивости и приобретает ратный, воинский смысл. Какая версия вернее для конкретной семьи, без знания истории рода не решить, но обе лингвистически состоятельны.

Географически фамилия редкая. Встречается точечно, чаще всего в записях по Псковской и Новгородской областям, что косвенно подтверждает северное диалектное происхождение. Войконовы могли быть крестьянами или посадскими людьми, прозванными за особенность поведения, а если верна вторая версия — потомками служилых людей, чей предок носил «говорящее» прозвище, связанное с ратным делом.

Интересная деталь: фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ин (Войкина), что говорит о том, что прозвище было мужским и закрепилось именно в форме на -ов. Если бы основой было женское имя или прозвище на -а (Войка), мы бы увидели фамилию Войкин. Этот грамматический нюанс указывает на то, что прозвище Войко или Войк было строго мужским.