Фамилия Войкина — женская форма мужской фамилии Войкин, и её происхождение упирается в прозвище Войка. Войка — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Вой, которое в древнерусском языке означало «воин» или «боец». Однако не спешите рисовать образ предка-ратника: в старину Вой было не столько прозвищем, сколько мирским именем. Такие имена давали не в крещении, а в быту, чтобы защитить ребёнка от злых сил или пожелать ему силы и удали. Параллель с фамилией Воинова здесь прямая, но Войкин — форма более редкая и специфическая.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Войкин — сын Войки. Это типичная модель для северных и центральных регионов России, где отчества и фамилии на -ин образовывали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Войка звучит как ласкательное, почти домашнее обращение к взрослому мужчине — возможно, прозвище закрепилось за человеком невысокого роста или с мягким характером, что контрастирует с воинственным корнем. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи описаны как переход от мирского имени к фамилии без участия церковного календаря.

Географически фамилия Войкин (и Войкина) встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, особенно в Кировской и Нижегородской областях. Это не случайно: именно там в XVI–XVII веках были распространены неканонические имена, а крестьянские фамилии закреплялись позже, чем у дворян. Войкины могли быть государственными или монастырскими крестьянами, реже — однодворцами. Никакого дворянского герба или громкой истории за фамилией не числится, что типично для прозвищной основы, не попавшей в боярские родословные.

Есть и вторая, менее вероятная версия: Войка могло быть прозвищем от глагола «выть» (в значении «плакать, жаловаться»). Но она слабая — для такого корня скорее возникла бы фамилия Войков (от Войко), а не Войкин. Ономастика предпочитает связь с «воином», и это подтверждается параллельными фамилиями: Войнов, Воеводин, Воинов. Так что Войкина — это фамилия с простой и ясной историей: от мирского имени, которое когда-то желало своему носителю силы, а со временем стало бытовым прозвищем в деревенской среде.