Фамилия Войконова — женская форма, а её мужской вариант — Войконов. Это относительно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности, но разбор по словообразовательным моделям даёт несколько правдоподобных версий.

Первое, что бросается в глаза — основа «Войкон-». Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов, остаётся корень, который может восходить к личному имени или прозвищу Войко. Такое имя могло быть образовано от глагола «воять» (в диалектах — кричать, шуметь, буянить) или от слова «вой» (волчий вой). В старину прозвища, связанные с голосом или поведением, давали людям с громким, резким голосом или беспокойным нравом. Таким образом, Войко — это человек, который «воет», то есть крикливый или шумный.

Вторая, более интересная версия, связана с географией. Фамилия могла возникнуть на стыке русских и финно-угорских земель (например, в Карелии, Архангельской или Вологодской областях). В карельском и вепсском языках есть слово «voi» — масло, а «voikko» может означать «маслёнок» или человека, связанного с изготовлением масла. Тогда Войконов — это потомок человека по прозвищу Войкко, то есть «маслодел» или «торговец маслом». Эта версия объясняет необычное сочетание «ойк», которое редко встречается в чисто русских именах.

Третья, менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с тюркскими языками, где «вой» или «бой» может означать «богатый», «знатный» (ср. «бай»). Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Байконов, а не Войконов, поэтому эта версия слабая.

Фамилия Войконова (Войконов) — яркий пример того, как за привычным суффиксом -ов может скрываться неочевидная основа, уходящая либо в диалектную лексику, либо в соседние языковые традиции. Сословно предки носителя фамилии могли быть как крестьянами (прозвище по характеру), так и ремесленниками (маслоделы), если верна финно-угорская версия.