Фамилия Войтухов — одна из тех, что образована от канонического имени, но через его народную, обиходную форму. В основе лежит крестильное имя Иоанн (в переводе с древнееврейского «милость Божия»), которое в белорусском, украинском и польском языках дало множество производных. Одна из таких форм — Войтех, Войтух. Это не случайное искажение, а результат фонетических процессов: начальное «Ио» в славянской среде могло переходить в «Во», а суффикс «-ух» придавал имени просторечный, бытовой оттенок.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель образования: Войтухов буквально означает «сын Войтуха» или «принадлежащий Войтуху». Такая схема в XV–XVII веках была основной для крестьянских и мещанских фамилий на землях Великого княжества Литовского и Речи Посполитой, куда входили современные Беларусь, Украина и западные регионы России. Поэтому географическое ядро фамилии — западные области, особенно Гродненская, Брестская, Волынская, а также юг Псковщины и Смоленщины.

Интересно, что имя Войтех (от него — Войтух) в католической традиции связано со святым Адальбертом Пражским, известным как Войтех. Однако у православных восточных славян оно не было распространено через церковный календарь, а бытовало как народное, светское. Это накладывает отпечаток на социальный статус первых носителей: Войтуховы, скорее всего, происходили из крестьян или мелких служилых людей, а не из духовенства или знати.

Встречается и вариант написания Войтухов с ударением на второй слог — Войту́хов. Это характерно для говоров, где имя произносили с ударением на «у». В документах XIX века фамилия могла записываться через «ф» (Войтуфов) из-за оглушения согласного в конце, но современная орфография закрепила «х». Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Войтехов, Войтюхов, Войтихов, — то Войтухов стоит несколько особняком благодаря редкому суффиксу «-ух», который в русской ономастике встречается реже, чем «-юх» или «-ех».