Фамилия Войтюхов — один из тех случаев, когда географический и социальный контекст важнее, чем прямой перевод прозвища. В основе лежит западнославянское слово «войт» (польск. wójt, чеш. rychtář, укр. війт), которое означает выборное должностное лицо — сельского старосту или городского голову. В Речи Посполитой, а позже на землях, вошедших в состав Российской империи, войт был административной фигурой: он ведал сбором податей, судом и порядком на подведомственной территории. Человек, получивший прозвище Войтюх, мог быть либо самим войтом, либо его сыном, либо крестьянином, служившим при войте.

Суффикс -юх- в этой фамилии — нечастая, но выразительная деталь. В белорусской и украинской антропонимии суффикс -юх- (как в фамилиях Костюх, Иванюх) придавал основе уменьшительно-притяжательный оттенок. Войтюх — это, скорее всего, не «маленький войт», а «войтов человек», «тот, кто при войте». Такая модель образования типична для западнорусских земель: фамилии на -юхов/-юхов чаще всего встречаются в исторических Гродненской, Минской, Волынской губерниях и на Подляшье. Войтюхов — патроним, то есть «сын Войтюха», и закрепился он в тех краях, где институт войтовства сохранялся дольше всего — до конца XIX века.

Есть и версия, что основа могла быть не должностной, а прозвищной: «войтюх» в некоторых говорах называли упрямого, своенравного человека, который «сам себе голова». Однако эта гипотеза слабее — в письменных источниках (например, в метрических книгах Волынской губернии) фамилия Войтюхов почти всегда привязана к семьям, где кто-то из предков действительно упоминается как войт. То есть прозвище, скорее всего, не случайное, а профессиональное.

Родственные фамилии — Войтов, Войтович, Войтиков, Войцеховский — расходятся по суффиксам и ареалам. Войтюхов стоит ближе к белорусской традиции, где суффикс -юх- продуктивен, чем к великорусской, где чаще использовали -ов или -ев. В современной России фамилия редкая, встречается преимущественно в западных областях и среди потомков переселенцев из Беларуси и Украины.

Ударение в фамилии, по правилам русской орфоэпии, падает на второй слог: Войтю́хов. Хотя в говорах, откуда она родом, могли произносить и Войтюхо́в — с ударением на последний слог, по польской модели.