Фамилия Вожжаникова — женская форма от Вожжаников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь редкая и показательная: основа «вожж» плюс суффикс «-аник» (с последующим «-ов»). В русских фамилиях суффикс «-аник» встречается нечасто и обычно указывает на профессию или занятие, связанное с предметом, названным в корне. Это не уменьшительная форма, а скорее именование мастера или работника по характерному объекту его труда.

Корень «вожж-» прямо отсылает к слову «вожжа» — часть конской упряжи, ремень или верёвка для управления лошадью. Исходное прозвище Вожжаник, скорее всего, получал человек, который делал или продавал вожжи — шорник, ремесленник по кожевенному или упряжному делу. В крестьянском быту лошадь была главной рабочей силой, и мастер по упряжи был фигурой заметной и востребованной. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто отличался манерой обращения с лошадьми — например, слишком жёстко или, наоборот, умело натягивал вожжи.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где коневодство и гужевой транспорт были особенно развиты — Поволжье, Вятка, Архангельская область. Встречаемость её невысокая, что подтверждает узкопрофессиональное происхождение: не всякое ремесло давало массовую фамилию.

Интересно, что в некоторых говорах «вожжа» имела и переносное значение — «поводок», «привязь», а также употреблялась в выражении «вожжа под хвост попала» о взбалмошном поведении. Однако для фамилии первичным остаётся прямой, ремесленный смысл. Сравните с однокоренными Вожжов, Вожжев — они образованы проще, без посредующего суффикса, и могли возникнуть от прямого прозвища «Вожжа». Вожжаников — более поздняя и «цеховая» форма, подчёркивающая не просто обладание предметом, а занятие им.