Фамилия Выгоняева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а глагол, причём с ярким прозвищным оттенком. Она образована от слова «выгонять»: так могли прозвать человека, который занимался выгоном скота на пастбище, был пастухом. В говорах слово «выгоняла» или «выгоняй» закреплялось за тем, кто гнал лошадей или коров в поле, а иногда — за строгим, требовательным человеком, который «выгонял» кого-то из дома или со двора. Прозвище Выгоняй давалось по действию, которое человек часто совершал или за которое был известен в округе.

Суффикс -ев (в мужском варианте Выгоняев) указывает на принадлежность: «сын Выгоняя». Такая модель типична для нецерковных прозвищ, которые на Руси давали по занятию или поведению. Женская форма Выгоняева — это фамилия, закреплённая за женщиной или вдовой, но в современном употреблении она передаётся по наследству от отца или мужа.

Интересно, что у фамилии нет географической привязки к какому-то одному региону: она встречается и в центральных областях России, и на юге, и в Поволжье. Это говорит о том, что прозвище было распространённым, но не массовым — его давали не всем пастухам, а лишь тем, кто выделялся манерой работы или характером. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от глаголов приводятся как характерные для прозвищной традиции, но конкретно Выгоняев не фигурирует в списке частых — фамилия остаётся относительно редкой.

Если сравнивать с однокоренными — Гоняев, Гончаров, Выгонов — то Выгоняева стоит особняком: в ней глагольная основа не перешла в существительное (как «гончар» или «гон»), а сохранила форму действия. Это делает фамилию прямой речью, застывшей в прозвище: предок был тем, кто выгоняет.