Фамилия Яковелс — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Первое, что бросается в глаза, — окончание -елс, которое нехарактерно для стандартных русских фамилий. В русском языке суффиксы -ов, -ев, -ин, -ский покрывают 90% фамилий, а здесь мы видим конструкцию, которая может указывать на иноязычное влияние, скорее всего, латышское или немецкое. В латышском языке распространены фамилии на -els, -ens, -ans, которые при русификации могли получить окончание -елс. В таком случае Яковелс — это латышский вариант от имени Яков (Jēkabs), где основа «яков-» соединилась с уменьшительным или патронимическим суффиксом.

Вероятнее всего, фамилия образована от имени или прозвища Яковел (Яковель) — формы, бытовавшей в западных регионах Российской империи, где смешивались славянские, балтийские и немецкие диалекты. Если отталкиваться от модели, то суффикс -ел- мог быть уменьшительным (как в фамилиях Яковлев, но с другим окончанием), а затем к нему добавился -с, характерный для прибалтийских фамилий, особенно в Латгалии и Курляндии. Таким образом, носитель фамилии Яковелс — это потомок человека, которого в какой-то местной среде называли «Яковелем» — уменьшительно-ласкательно от Якова, а при оформлении документов (например, при переселении или записи в метрики) фамилия закрепилась в форме с балтийским суффиксом.

Географически фамилия Яковелс, скорее всего, привязана к Латвии или приграничным с ней районам Псковской и Витебской губерний. В русских архивах она почти не встречается, что подтверждает её локальный характер. Предки носителей фамилии могли быть крестьянами или мещанами, которые говорили на смеси латышского и русского, а фамилию получили по имени отца — Якова, но с местным, неславянским оформлением.

Другая версия, менее вероятная, — искусственное происхождение: фамилия могла возникнуть при переписывании или искажении более длинной фамилии, например, Яковлевс (с двойным суффиксом), что характерно для канцелярских ошибок XIX века. Однако форма Яковелс устойчива и встречается в единичных записях, что скорее говорит о её сознательном образовании по балтийской модели, а не об ошибке. В любом случае, фамилия несёт в себе отпечаток межэтнического контакта и миграции, а её корень однозначно указывает на имя Яков, популярное в христианской традиции.