Фамилия Якубонек — редкий пример того, как западнославянская модель словообразования «прижилась» в русском ономастиконе. Она образована от имени Якуб (польская, чешская и словацкая форма библейского Иаков) с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -онек. В польском языке суффикс -онек (-onek) — аналог русского -ёнок: он придаёт слову значение «маленький, младший». То есть Якубонек буквально означает «маленький Якуб» или «сын Якуба». Такая модель типична для польских фамилий на -ек (Якубек, Янек, Казимежек), но в русской среде она встречается редко и почти всегда указывает на польское или белорусское происхождение рода.

Скорее всего, фамилия закрепилась на территории бывшей Речи Посполитой (Западная Украина, Беларусь, Литва) или в западных губерниях Российской империи, где жило смешанное славянское население. Со временем носители могли переселиться в центральные регионы России, сохранив характерное окончание. В русских документах фамилию могли переделывать на «Якубёнков» или «Якубоньков», но исходная форма устоялась именно как Якубонек.

Основа фамилии — имя Якуб, которое восходит к древнееврейскому Яаков. В православной традиции это имя обычно передаётся как Иаков или Яков, в католической — как Якуб. Поэтому фамилия Якубонек может указывать на католическое или униатское вероисповедание предков. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия не даёт информации о социальном статусе: её мог носить и крестьянин, и мещанин, и шляхтич, — всё зависело от того, в какой среде жил конкретный Якубонек.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Якубонек стоит в одном ряду с польскими Якубовский, Якубкевич, Якубчик. Но именно суффикс -онек выделяет её среди соседей: он встречается в польских фамилиях реже, чем -ек или -чик, и придаёт фамилии оттенок «ласкательности». В белорусском языке похожий суффикс -онак даёт фамилии вроде Якубонок, что по смыслу то же самое.

Встретить фамилию Якубонек сегодня можно в Польше, на западе Беларуси и в России — чаще всего среди потомков переселенцев из западных областей. Из-за редкости она почти не искажается при переписи, хотя варианты написания с одной «н» (Якубонек) встречаются в старых метрических книгах.