Фамилия Ялковская — женская форма фамилии Ялковский, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В центре внимания здесь не имя и не прозвище, а топонимический суффикс -ск-, который прямо указывает на географическое происхождение носителя. Ялковский — это тот, кто родом из места с названием Ялково или Ялков. Таких деревень и сел в России и Беларуси несколько: например, Ялково встречается в Смоленской области, в Мордовии, а также в Брестской области Беларуси. Фамилия, скорее всего, сформировалась в среде шляхты или духовенства (семинарские фамилии), где было принято образовывать фамилии по названию имения или прихода.

Корень Ялк- затемнён и допускает несколько версий. Самая простая: от гидронима Ялка или Ялга (в финно-угорских языках «йалка» — нога, но в топонимике чаще означает «речка», «ручей»). Вторая версия — от диалектного слова «ялкий», то есть жалкий, скудный, что могло характеризовать бедное селение. Третья, менее вероятная, — от тюркского «ялкы» (пламя, огонь), но это скорее случайное созвучие.

Суффикс -ов- в основе (Ялков) указывает на принадлежность: Ялково — это «земля/село человека по прозвищу Ялко». Само прозвище Ялко могло произойти от глагола «ялить» (колоть, жалить, в некоторых говорах — бранить) или от названия рыбы ялец (мелкая рыба семейства карповых). В этом случае фамилия была бы прозвищной, а не топонимической, но суффикс -ский всё равно перевешивает в пользу «выезжих» фамилий.

География фамилии Ялковская сегодня размыта, но чаще всего она встречается в западных регионах России (Смоленщина, Псковщина) и в Беларуси. Это косвенно подтверждает связь с западнорусскими землями, где фамилии на -ский были особенно распространены среди дворянства и мещанства. В XIX веке носительницы этой фамилии могли быть дочерьми сельских священников, мелкопоместных шляхтичей или чиновников, переселившихся в город.

Словообразовательно фамилия проста: корень Ялк- + суффикс принадлежности -ов- + топонимический суффикс -ск- + окончание -ий (в женском роде -ая). Это типичная модель для фамилий, образованных от названий деревень: ср. Михалковский, Ивашковский, Петровский. Единственная особенность — редкость корня, который не имеет очевидных однокоренных фамилий-«близнецов» (Ялков встречается, но Ялковский уже намного реже).