Фамилия Яндовенко построена по распространённой в украинской ономастике модели — суффикс -енко, который указывает на происхождение по отцу («сын такого-то»). Вторая часть фамилии — основа Яндов-, которая восходит к прозвищу Яндовый. Это прозвище, в свою очередь, связано с диалектным словом «яндова» или «ендова» — так в старину называли медную или деревянную посуду для питья, широкую чашу с носиком. Ендова была обязательным элементом на пирах и крестьянских застольях, её форма и назначение хорошо известны по этнографическим описаниям XIX века. Таким образом, прозвище Яндовый мог получить либо мастер, делавший такую посуду, либо человек, который любил выпить или торговал хмельными напитками. Слово «ендова» (яндова) — тюркского происхождения, оно проникло в русские и украинские говоры через посредничество татарского языка, где означало «чаша» или «корыто».

С географической точки зрения фамилия Яндовенко тяготеет к южным и центральным регионам Украины, особенно к Черкасской и Полтавской областям, где суффикс -енко исторически доминировал. Встречаются также варианты написания — Ендовенко (через «е»), что связано с колебаниями в произношении и записи диалектного слова. В русских переписях XVII–XVIII веков встречается фамилия Яндовский, но она образована по другой модели — от названия населённого пункта (например, село Яндово). Яндовенко же — чисто украинская патронимическая фамилия, возникшая не раньше конца XVII века, когда суффикс -енко стал активно вытеснять более древние формы на -ович.

Если рассматривать социальный контекст, то носители фамилии Яндовенко относились к крестьянскому и казацкому сословиям. Прозвище, лёгшее в основу, бытовое и незнатное — оно не указывает на боярский или дворянский род, а скорее на ремесленника или человека с заметной чертой характера. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII века подобные фамилии нередки среди казацкой старшины низшего звена. Иными словами, предки современных Яндовенко — это люди, чьё прозвище закрепилось за их потомками, и никакой тайны, кроме забытого названия посуды, в этой фамилии нет.