Фамилия Яндукова — женская форма фамилии Яндуков. Её основа, скорее всего, восходит к мужскому имени Яндук. Это имя могло быть производной формой от крестильного имени Иоанн (в русской традиции — Иван) с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ук, характерного для западных и южных славянских диалектов, а также для некоторых регионов России. Таким образом, Яндук — это «маленький Иван» или «Иванушка», а Яндуковы — потомки человека по прозвищу или имени Яндук.

Однако не стоит исключать и тюркскую версию. В языках народов Поволжья (татарском, башкирском, чувашском) есть слово «яндык» или «яндак», означающее «бок», «сторона» или «кривой», «косой». В этом случае прозвище Яндук могли дать человеку с характерной походкой или осанкой. Учитывая, что фамилия с окончанием -ов/-ев чаще встречается в русской среде, а суффикс -ук — в украинской и белорусской, первая версия (от имени) выглядит более вероятной для центральной России, но вторая (тюркская) вполне возможна для южных или волжских регионов.

Географически фамилия Яндуков (и Яндукова) не является сверхраспространённой, но встречается в разных областях — от Удмуртии и Башкортостана до Пензенской и Самарской областей. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли быть как русскими переселенцами, так и представителями тюркских народов, принявшими православие и русифицировавшими фамилию. В любом случае, фамилия Яндукова — это пример того, как простое прозвище или уменьшительное имя, закрепившись за родом, прошло через века и сохранило в себе отголосок либо народной ласковости, либо бытовой наблюдательности.