Фамилия Яндукин — яркий пример того, как в русской фамилии может сохраниться память о тюркском или финно-угорском корне, переосмысленном славянским суффиксом. Её основа — «Яндук» или «Яндука» — почти наверняка восходит к личному имени или прозвищу, распространённому в Поволжье.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским именем Яндык (или Яндук). В татарском и башкирском языках «ян» означает «душа», а аффикс «-дык» может придавать значение «родной», «душевный». Встречается и вариант, где «яндык» — это «бок», «сторона», что могло стать прозвищем для человека, живущего на отшибе или с характерной походкой. В любом случае, исходное прозвище было нехристианским, и его носитель, скорее всего, был крещёным татарином, чувашом или марийцем, принявшим православие, но сохранившим родовое имя.

Модель образования фамилии проста: к основе на «-а» (Яндука) добавился стандартный русский патронимический суффикс «-ин», указывающий на принадлежность к роду: «чей?» — Яндукин, то есть сын Яндуки. Суффикс «-ин» характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я, и в данном случае он работает точно так же, как в фамилиях Ильин или Пушкин.

В отличие от распространённых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Яндукин имеет узкую географическую привязку. Большинство носителей этой фамилии — выходцы из Башкортостана, Татарстана, Оренбургской и Челябинской областей. Это зона исторического расселения башкир, татар и чувашей, где фамилии с тюркскими корнями и русскими окончаниями — обычное дело.

Спорных версий немного. Фантастическое предположение, что «Яндукин» происходит от французского «jardin» (сад) или от русского диалектного «яндук» (вид корзины), не выдерживает критики: ни фонетически, ни исторически эти связи не подтверждаются. Реальная история фамилии — в тюркском имени, которое спустя поколения стало звучать по-русски.