Фамилия Яндуков образована от прозвища Яндук. По одной из гипотез, оно восходит к названию калмыцкого селения Яндуки. Возможно, что человек по прозвищу Яндук долгое время жил в этой деревне. Не исключено, что в основу данного прозвища легло украинское слово «яндила» — «большая миска с двумя ушками на краях». В таком случае можно предположить, что Яндуком могли прозвать мастера по изготовлению посуды. Существует также версия, что прозвище Яндук имеет тюркские корни и ведет свое начало от слова yandash — «сторонник, приверженец; последователь». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Яндук, со временем получил фамилию Яндуков.