Фамилия Яшинкин образована по редкой для русских фамилий трёхступенчатой модели: от полной формы имени Яша через двойной суффикс -ин- + -к- + -ин. Если обычные фамилии на -ин (Яшин, Петин) означают «сын Яши» или «человек из семьи Яши», то Яшинкин — это уже «внук Яши» или «сын Яшинки». Такая модель встречается в северных и сибирских говорах, где уменьшительно-уничижительные формы имён с суффиксом -к- (Яшка, Яшинка) были особенно распространены.

Основа фамилии — имя Яша, народная форма канонического имени Иаков (церковнославянская форма от древнееврейского Яаков). В русском быту имя давало множество производных: Яков, Яша, Яшка, Яшутка. Фамилия Яшинкин стоит в одном ряду с Яшковым, Яшутиным, Яшечкиным — все они указывают на одного и того же предка, но через разные уменьшительные формы. Разница лишь в том, какой вариант прозвища закрепился в конкретной семье.

По суффиксу -ин фамилия однозначно указывает на русское происхождение, чаще всего из крестьянской или мещанской среды. Дворянские фамилии редко образовывались от таких «тройных» уменьшительных форм — они тяготели к более звучным основам на -ский или -ов. Яшинкин — фамилия демократичная, бытовая, её носитель в XVI–XVII веках мог быть крестьянином, посадским человеком или служилым низшего ранга.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, Яшинкины чаще всего встречаются в Кировской области, Удмуртии и Пермском крае — то есть в зоне позднего заселения русскими, где фамилии нередко «застывали» в архаичных формах, уже вышедших из обихода в центральных губерниях.

Спорных версий у фамилии практически нет. Единственная альтернатива — происхождение от прозвища Яшинка, не связанного с именем, а образованного от диалектного слова «яшка» (в некоторых говорах так называли зайца или пеструю курицу). Но это маловероятно: прозвище Яшинка почти всегда было уменьшительным от имени, а не от нарицательного слова.