Фамилия Ятковская — женская форма фамилии Ятковский, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. Скорее всего, первый носитель фамилии (Ятковский) был выходцем из населённого пункта с корнем «Ятк-»: деревни Ятки, Ятково или села Ятковка. Такие топонимы встречаются в Беларуси, на западе России и в восточной Польше. Например, деревня Ятки есть в Витебской области, а Ятково — в Тверской и Смоленской. Фамилия закрепилась за человеком, который переехал в другое место и получил прозвание по месту прежнего жительства, а уже его потомки унаследовали это родовое имя.

Суффикс -ск- указывает на дворянское или шляхетское происхождение в польской и западнорусской традиции. В Речи Посполитой такие фамилии на -ский/-цкий носили в основном землевладельцы, владевшие поместьем с соответствующим названием. Однако со временем эта модель распространилась и среди крестьян и мещан, особенно после разделов Польши, когда многие жители получили фамилии по названиям родных деревень.

Корень «Ятк-» менее прозрачен. Есть две основные версии. Первая: от личного имени Ятко — уменьшительной формы от Яков (в белорусском и украинском диалектах Ятко могло быть вариантом Яцько). Вторая: от славянского слова «ять» (брать, хватать) или «ятка» — в польском языке «jatka» означает бойню, мясной ряд, а в старом русском — ларь или шатёр для торговли. В этом случае прозвище Ятка мог получить мясник, торговец или владелец лавки. Первая версия выглядит правдоподобнее, так как топонимы чаще образуются от имён, а не от названий профессий.

Фамилия Ятковская сравнительно редкая. Встречается в основном среди потомков польской шляхты и белорусской знати, которые после разделов Речи Посполитой оказались в составе Российской империи. Встречаются варианты написания: Яткоўская (белорусская кириллица) и Jatkowska (латиница). В русском языке ударение падает на второй слог: Ятко́вская.

Стоит отличать её от фамилии Яцковская — с корнем от Яцко (Яков). В разговорной речи и при переписи могли путать безударные «т» и «ц», поэтому не исключено, что часть носителей фамилии Ятковская — это искажённый вариант Яцковской, записанный по слуху.