Фамилия Яциненко — яркий пример украинской модели фамилии, распространённой на юге России и в Беларуси. Её сердцевина — суффикс -енко, который в XVI–XVII веках в украинских землях означал «сын» или «потомок». По сути, Яциненко — это «маленький Яцина» или «сын Яцины». Такой суффикс указывает на происхождение из казацкой или крестьянской среды, где фамилии на -енко были массовыми и не несли дворянского оттенка.

Основа фамилии — Яцина. Это уменьшительная форма от имени Яков (через народные варианты Яць, Яцко, Яцун). В украинской и белорусской традиции имя Яков часто сокращали до Яц, а затем добавляли суффикс -ина, чтобы получить прозвище или фамилию. Таким образом, предок носителя фамилии Яциненко, скорее всего, звался Яцей или Яциной — либо по отцу, либо по собственному имени.

Встречается и другая, менее вероятная версия: основа могла восходить к диалектному слову «яц» — так в некоторых говорах называли крикливого, бойкого человека. Однако ономастика обычно отдаёт предпочтение антропонимическому корню, поскольку имя Яков было одним из самых частых в славянском именослове. Фамилия Яциненко географически привязана к регионам современной Украины (особенно Полтавщина, Черниговщина) и южным областям России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки.

В русских документах фамилия могла записываться с двойным «н» — Яцинненко, но это редкое исключение, вызванное канцелярской ошибкой или попыткой адаптировать украинское произношение к русской орфографии. В целом, фамилия Яциненко — типичный представитель украинской ономастической традиции, и её носители, скорее всего, потомки простых людей, получивших фамилию по имени отца.