Фамилия Юсипей — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно несёт на себе отпечаток западного, скорее всего польского или западноукраинского, влияния. Если присмотреться к окончанию, то бросается в глаза формант «-ей», который в русской ономастике встречается крайне редко, а вот в польской — обычное дело. Фактически, это адаптированная на русской почве фамилия, образованная от имени Юсип.

В основе лежит разговорная форма имени Иосиф. В польском языке имя звучит как Юзеф (Józef), а его уменьшительные варианты — Юсь (Juś) или Юсип (Jusip). Суффикс «-ей» — это польский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Юсипа» или «из рода Юсиповых». Таким образом, Юсипей — это не «чей-то» в русском смысле, а скорее «Юсиповский» по-польски. Первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Юсип, то есть Иосифа.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть корень «юс» или «йус», означающий «лицо» или «лик», а суффикс «-бей» указывает на знатность или титул (ср. «ага-бей»). Однако в фамилии Юсипей нет характерного для тюркских фамилий ударения на последний слог и двойного «б» (Юсипбей). Эта гипотеза выглядит натянутой, так как форма «Юсипей» гораздо естественнее ложится в славянскую модель с польским суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам России, Беларуси и Украины, где исторически было сильное польское влияние. Встречается она и в еврейской среде, где имя Иосиф (Йосеф) было чрезвычайно распространено, а его производные формы легко обрастали фамильными суффиксами. Так что предки Юсипеев могли быть крестьянами, мещанами или ремесленниками из бывших земель Речи Посполитой, которых при переписях записывали по отцу — Юсипу.