Фамилия Заботкина — женская форма фамилии Заботкин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Заботка, а корнем служит слово «забота» — «усердные хлопоты, беспокойное попеченье, радушное беспокойство о ком-то».

Здесь сразу два возможных, и при этом противоположных, значения. Первое: Заботкой могли прозвать человека хлопотливого, беспокойного, который постоянно о ком-то пёкся. Второе: это могло быть домашнее имя, которое давали горячо любимому ребёнку — тому, о ком родители хотели заботиться. Такие «пожелательные» имена-обереги были в ходу у русских крестьян вплоть до XVII века.

Обратим внимание на суффикс. Фамилия образована по модели «-ка → -кин/-цын»: от имени Заботка через притяжательное прилагательное «Заботкин сын» пошла фамилия Заботкин. Это типичная «фамилия второго уровня» — она не от прозвища отца, а от его уменьшительного имени, что указывает на бытовую, неофициальную среду возникновения.

В ономастических справочниках фамилия редкая. Она не встречается в дворянских родословных и не фиксируется в крупных дореволюционных переписях центральных губерний. Это говорит о том, что носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды. Географически Заботкины чаще всего встречаются на севере и северо-востоке России — в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает версию о северорусском происхождении суффикса «-ка» в личных именах.

Спорных версий у фамилии нет: связь с «заботой» прозрачна, и ни один серьёзный этимолог не предлагал иного толкования.