Фамилия Заболоткина — женская форма от Заболоткин, а та, в свою очередь, — типичный пример «географической» фамилии, образованной от прозвища человека, жившего за болотом. Основа здесь прозрачна: за + болото. В древнерусских говорах «заболотный» означало не просто «находящийся за болотом», но часто — живущий на отшибе, в глухой, сырой низине, куда без нужды не ходили. Такие прозвища давали по месту жительства: если человек поселился за болотной топью, его так и звали — Заболотка или Заболотный.

Модель образования Заболоткин — одна из самых распространённых в русской ономастике. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Заболоткин», то есть сын, потомок Заболотки. Такие фамилии на -ин, как правило, происходят от основ на -а/-я, и здесь исходным было прозвище Заболотка (человек, живущий за болотом). В этом отличие от фамилий на -ов/-ев (Заболотнов, Заболотский), которые образовывались от прилагательных или названий с твёрдой основой.

Интересно, что у фамилии есть и «книжный» вариант — Заболотский, распространённый среди дворянства и духовенства, где суффикс -ский придавал фамилии более официальное, «географическое» звучание (по названию села или усадьбы Заболотье). Заболоткин же — вариант простонародный, крестьянский, патронимический по своей сути. В переписных книгах XVII–XVIII веков крестьян и посадских людей часто записывали именно с таким суффиксом, не меняя прозвищную основу.

По сословной принадлежности Заболоткины — почти наверняка крестьяне или однодворцы. Фамилия густо представлена в центральных и северных губерниях России — Вологодской, Костромской, Вятской, а также в Поволжье, где болотистые низины и глухие леса были обычным местом для поселений. Встречается и в казачьих областях, но реже. Дворянских родов с такой фамилией история не знает — это фамилия человека, который не владел поместьем, а просто жил «за болотом».

В написании возможны варианты: Заболоткин (мужская форма) и Заболоткина (женская), но ударение всегда падает на третий слог: Заболо́ткин. Ошибочное ударение на «а» — следствие влияния украинского варианта (Заболотько), но для русской фамилии оно нетипично.