Фамилия Заболотских образована по модели, типичной для северных и северо-восточных регионов России, — с помощью суффикса -их/-ых. В Вятской, Пермской, Архангельской губерниях такие фамилии отвечали на вопрос «чьи?» и обозначали принадлежность целому роду или дому. Если в центральной России закрепилась форма Заболотский (как у помещиков или духовенства), то на Русском Севере прижилось Заболотских — «из семьи Заболотских».

Основа фамилии — прозвище или топонимическое указание «за болотом». В древнерусских говорах «заболотный» означало того, кто живёт по ту сторону болота, за топкой низиной. Такие прозвища давали крестьянам, чьи деревни стояли на отшибе, за сырым лесом или непроходимой трясиной. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Заболотский, со временем получил фамилию Заболотских.

Интересно, что в отличие от фамилии Заболоцкий, которую носил поэт, Заболотских почти не встречается в дворянских родословных — это фамилия крестьянская и посадская. В писцовых книгах XVI–XVII веков нередко фиксировали «Заболотские починки» и «Заболотные поля», что подтверждает географическое, а не личное происхождение корня.

Фамилия сохранила архаичную падежную форму родительного или предложного падежа множественного числа: буквально «из Заболотских». Такая модель встречается и у других фамилий того же ареала: Козловских, Смирных, Черных. Сегодня Заболотских — одна из тех фамилий, которые сразу указывают на северорусские корни носителя, чаще всего на Кировскую область, Удмуртию или Пермский край.