Фамилия Заболотин — типичный пример того, как русская фамилия «привязала» человека к месту жительства. В основе лежит прозвище Заболотный: так называли того, кто жил «за болотом», то есть на отшибе, за топким местом. Потомки этого человека со временем стали Заблотиными, а затем и Заблотиными — через суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Заболотина, то есть сын Заболотного.

Интересна словообразовательная модель. В отличие от фамилий на -ов/-ев (типичных для центральной России), суффикс -ин чаще встречается в северных и северо-восточных землях. Это не жёсткое правило, но оно даёт намёк на географию: возможно, корни фамилии — в Архангельской, Вологодской или Вятской губерниях, где болотистая местность была обычным делом, а прозвища по таким ориентирам — повсеместными.

Ударение в фамилии плавающее: одни произносят ЗаболОтин, другие Заболотин. Первый вариант ближе к исходному слову «болото», второй — к народному говору. В дореволюционных метрических книгах можно встретить и написание Заболотнин — с двойным «н», что тоже вариант одной фамилии.

Спорных версий происхождения немного. Иногда пытаются связать фамилию с диалектным глаголом «заболотить» (замочить, залить), но это натяжка: прозвище по действию («тот, кто замочил») маловероятно для устойчивой фамилии. Основная версия — топографическая, она же самая прозрачная и подтверждённая массовостью однотипных фамилий (Заозёров, Заречин, Загорский).