Фамилия Заболотова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Заболотов, строится по очень прозрачной, но не самой частой модели. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Заболотов — сын человека по прозвищу или фамилии Заболот. Но само слово «заболот» в древнерусском языке — не имя и не профессия, а топографический термин. Так называли человека, который жил «за болотом», то есть по ту сторону топи, на отшибе от основного поселения.

Интересно, что фамилия не пошла по пути Заболоцкий — с суффиксом -ск-, который обычно закреплялся за дворянами по названиям имений. Заболотов — вариант «народный», крестьянский или посадский. В нем нет указания на владение землей, только на место жительства: «он с того края, где болото кончается». В северных и центральных губерниях России такие «географические» фамилии без дворянского суффикса встречались чаще, чем на юге: там болот меньше, и прозвище было бы менее актуально.

Есть и другая версия, более редкая: прозвище Заболот мог получить не просто житель окраины, а человек, который промышлял на болоте — собирал клюкву, рубил торф или знал проходы через трясину. В этом случае фамилия несет не столько адрес, сколько занятие. Но первая версия — основная, ее поддерживают и словарь русских фамилий Б. Унбегауна, и работы В. Никонова по географическим прозвищам.

В написании фамилии нет вариантов с буквой «а» в корне: Заболотова, не Заболатова. Ударение, как правило, падает на третий слог: Заболо́това. Встречаются и ударные формы на второй слог, но они локальны и связаны с диалектным произношением слова «болото» в некоторых областях.

Фамилия не принадлежала к числу распространенных дворянских родов, и в дореволюционных справочниках её носители — в основном крестьяне, мещане и купцы средней руки. В ХХ веке фамилия стала известна благодаря советской актрисе театра и кино Людмиле Заболотовой, но это уже отдельная история, не связанная с происхождением прозвища.