Фамилия Заболотина восходит к существительному «болото» в творительном падеже с предлогом «за». Скорее всего, предок обладателя этой фамилии жил «за болотом», т.е. на окраине, за что и получил прозвище Заболотин, которое позже перешло в фамилию. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Заболотин, со временем получил фамилию Заболотина.