Фамилия Заболотенко — яркий пример украинской фамилии, образованной по очень продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок»: Заболотенко — буквально «сын Заболотного». То есть основой фамилии послужило прозвище или фамилия отца — Заболотный.

Сам корень — «за болотом». Прозвище Заболотный давали человеку, который жил за болотом, по ту сторону топкого места. В условиях расселения славян болота были естественной границей: «тот, кто с той стороны болота» — так могли называть крестьянина, чей хутор стоял отдельно от села за заболоченной низиной, или переселенца, пришедшего из-за болот. География фамилии подтверждает украинское происхождение: наибольшая плотность носителей Заболотенко фиксируется в Полтавской, Черкасской, Киевской и Сумской областях, а также на Кубани — в местах переселения украинских казаков.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Заболо́тенко), так и на третий (Заболоте́нко). Второй вариант встречается реже и характерен для южных говоров, где суффикс -енко произносили с ударением на «е». В официальных документах XIX века фамилию могли записать как Заболотенков — с русифицированным окончанием -ов, но в быту сохранилась исходная форма на -енко.

С сословной точки зрения Заболотенко — почти поголовно крестьянская и казацкая фамилия. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано, хотя отдельные представители могли выслужить личное дворянство по чину. Сравните с однокоренными фамилиями: Заболотный (прямое прозвище), Заболоцкий (польское влияние, суффикс -ский) и Заболотнев (русская форма с суффиксом -ев). Заболотенко стоит в этом ряду как типично украинская патронимическая форма, указывающая на происхождение от конкретного человека по месту его жительства.