Фамилия Заболоткин восходит к существительному с корнем «болот», вероятно, звучавшему как «заболотка». Возможно, заболоткой называли заболоченную местность. Следовательно, Заболоткиным прозвали человека, жившего среди болот. По другой версии, фамилия указывает на место жительства предка не посреди болот, а «за болотом».