Фамилия Заголько образована от прозвища Заголя, в основе которого лежит общеславянское слово «голь» или «голынь» — «бедность, нищета». От этого корня в русском языке возникло целое гнездо прозвищ и фамилий: Гольтяпа (неимущий, бедняк), Голяшка (очень бедная женщина), Голик, Голый. Заголько, вероятно, получил бедный человек, которого так и прозвали за его скудное положение.

Модель образования фамилии указывает на украинское или западнорусское происхождение. Суффикс -к(о) характерен для восточнославянских фамилий, особенно распространён на территории современной Украины и в южных областях России. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, окончание -о в именительном падеже не склоняется по падежам, что выдаёт в ней южнорусский или малороссийский говор. Таким образом, потомок человека с прозвищем Заголя со временем получил фамилию Заголько.

Встречается эта фамилия и в польском ономастиконе, где суффикс -ко также продуктивен. Однако польская версия могла бы иметь форму Zagolko или Zagółko. В любом случае, географически фамилия тяготеет к западно- и южнорусским землям, а также к Беларуси.

Дополнительная деталь, которая редко встречается в статьях о фамилии: прозвище Заголя могло быть не только прямым указанием на бедность, но и ироничным — так могли назвать человека, который, несмотря на отсутствие средств, держался с достоинством или, наоборот, слишком явно демонстрировал свою нужду. В народной традиции такие прозвища нередко закреплялись за целыми родами, и фамилия становилась своеобразным семейным знаком.