Фамилия Загонкин образована от прозвища Загонка. В её основе — отглагольное существительное «загонка», напрямую связанное с глаголом «загонять». В первую очередь это слово относилось к скотоводству: «загонять» скот в загон. Поэтому прозвище Загонка могли дать человеку, который держал большое хозяйство, разводил домашних животных и, вероятно, был крепким хозяином.

Однако у этого прозвища есть и вторая, ремесленная версия. В русских говорах «загонкой» называли специальный молоток с длинным носом — его использовали для вбивания гвоздей в дерево, особенно в труднодоступных местах. Если основатель рода Загонкиных носил такое прозвище, он мог быть плотником или столяром. Инструмент давал имя мастеру — распространённый в ономастике приём.

Фамилия построена по стандартной русской модели на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Загонкин, то есть сын или потомок Загонки. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Обе версии — скотоводческая и плотницкая — имеют равное право на существование. Выбор между ними зависит от того, в какой местности и в какой среде фамилия закрепилась впервые. В любом случае, фамилия Загонкин указывает на конкретное занятие предка, а не на абстрактную черту характера.