Фамилия Закарайте — редкая и необычная для русского уха, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в литовском или жемайтском языке. Фамилия явно образована по балтийской модели: основа «закара» (или «закар») плюс типичный литовский суффикс -айте (-aitė), который в русской передаче часто пишется как «-айте». В Литве и исторической Литве (включая части современной Беларуси и Польши) окончание -aitė/-айте указывает на женский род или на принадлежность к роду: буквально «дочь» или «потомок» такого-то. Закарайте — это, скорее всего, фамилия женщины, вышедшей из рода Закарас (Zakaras).

Сама основа «Закарас» может восходить к литовскому слову žakaros — «сучья, хворост, валежник». Прозвище Закарас могли дать человеку, который занимался сбором хвороста, жил в лесистой местности или имел худощавую, «суковатую» фигуру. Встречается и другая версия: от литовского žakaroti — «карабкаться, лазить по деревьям», что тоже могло закрепиться за ловким, подвижным человеком или лесорубом.

С географической точки зрения, фамилия Закарайте и её мужской вариант Закарас наиболее часты в северо-восточной Литве, в регионах Паневежиса и Укмерге. В русскоязычной среде фамилия могла появиться в результате миграций литовцев в Сибирь или на Дальний Восток в XIX–XX веках, а также среди потомков литовской шляхты, переселившихся в центральные губернии. Встречаются единичные носители в Латвии и среди литовской диаспоры в США.

Интересная деталь: фамилия Закарайте не склоняется по падежам в русском языке, если принадлежит женщине, но её мужской аналог Закарас склоняется как обычное существительное второго склонения. В дореволюционных метрических книгах можно найти написание «Закарайтъ» — с твёрдым знаком на конце, что подтверждает её позднюю фиксацию в православных записях. Социальный слой предков — в основном крестьяне и мелкие ремесленники, но встречаются и упоминания о литовских дворянах герба «Лис» с похожей фамилией.