Фамилия Закарин образована от имени или прозвища Закаря, а то, в свою очередь, — от крестильного имени Захарий (в просторечии Захар). Усечение основы и замена суффикса — типичный для русских говоров приём: Захарий превращался в Захарю, а затем в Закарю и Закаря. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Закарин, то есть сын или потомок Закари.

Версия о тюркском происхождении фамилии существует, но менее убедительна. В татарском и башкирском языках есть слово «закяр» (память, поминание), но оно не образует фамилий с русским суффиксом -ин напрямую. Скорее всего, фамилия Закарин — результат обрусения крестильного имени, что подтверждается и географией: она встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где усечение имён было в ходу.

По написанию фамилия устойчива, без вариантов вроде Закаров или Захарин. Это говорит о том, что прозвище Закаря закрепилось в конкретной семье и не смешивалось с другими формами. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а само прозвище дали человеку по имени отца — Закаре, которого в документах могли записать как Захария.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «закаря» могло означать и «заика» (от глагола «закарять» — запинаться, мямлить). Но это значение редкое и локальное, а основная масса носителей фамилии всё же восходит к имени Захар.